2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）
发布时间
阅读量：
阅读量
目录
蛋白质结构预测研究是当前生物化学领域的重要课题之一。
本研究主要聚焦于以下三个主要的方法展开探讨：
首先是对蛋白质进行同源建模的分析，
其中穿线法是一种基于特定拓扑结构的手动建模技术；
另外一种是从头预测（ab initio）的方法，
这种方法完全依赖于计算模拟而无需任何实验数据；
它通常采用基于假设的理论模型来进行推导。
此外，
还有一种基于假设的推断策略被广泛应用于实际研究中。
* 精度与方法选择
* Alphafold2相关信息蛋白质结构预测
三种方法
同源建模(比较建模)
建模步骤（共4步）
- 进行目标蛋白质与模板蛋白质之间的对比分析
通常情况下, 目标蛋白与模板蛋白之间的序列一致性达到50%以上. 或者通过对比长度足够的序列区域, 可以推断这两个蛋白质可能具有相似的空间结构, 并具有较高的识别精度.
3.建立结构模型
4.对结构模型进行评估
评估工具
VERIFY3D： http://nihserver.mbi.ucla.edu/Verify_3D/
PROCHECK：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/
CMBI-WHATIF：http://swift.cmbi.ru.nl/whatif/
在线模型构建平台
SWISSMODEL: https://swissmodel.expasy.org
MODELLER: https://www.salilab.org/modeller
PredictProtein: https://www.predictprotein.org
穿线法
输入的目标序列断裂成多个片段后，在预设的折叠模式库中进行匹配处理；通过构建打分函数来评估目标序列与预设结构之间的兼容性。
从头预测（ab initio）
基于假设
氨基酸序列完整地包含了蛋白质结构的所有细节；球蛋白倾向于形成最稳定的构象。
推荐策略
Rosetta
精度与方法选择
Alphafold2相关信息
[AlphaFold2 讲解（2） - 知乎 (zhihu.com)](https://zhuanlan.zhihu.com/p/464269311)
[AlphaFold2算法详解_李划水员的博客-博客_alphafold2原理](https://zhuanlan.zhihu.com/p/464269311)
[【公开课】基于AI预测蛋白质折叠的三维空间结构——AlphaFold2原理及安装使用_哔哩哔哩_bilibili](https://www.bilibili.com/video/av504954705?zw&vd_source=999ee47504687d8fa8e31dc1363002ca)全部评论 (0)
还没有任何评论哟~