生信（二）反向互补序列

关键词：reverse; complement; sequence;

如何获取一段基因序列的反向互补序列？这是基因测序领域中的常见挑战。实际上这个问题相对简单，在现有的软件中已有解决方案。然而作为生物信息学专业人士来说

如何获取一段基因序列的反向互补序列？这是基因测序领域中的常见挑战。实际上这个问题相对简单，在现有的软件中已有解决方案。然而作为生物信息学专业人士来说

首先最容易想到的也是最基本的方法就是利用**多个if…else…**语句来进行判断和选择处理。这样的方法实在不够高效，生成的代码显得有些繁冗。今天我们将介绍几种更为高效的方法。

首先最容易想到的也是最基本的方法就是利用**多个if…else…**语句来进行判断和选择处理。这样的方法实在不够高效，生成的代码显得有些繁冗。今天我们将介绍几种更为高效的方法。

Shell版本：tr命令和rev命令

Python版本：基于字典
代码如下：

这种算法简洁优雅，并具清晰明了性。与其频繁调用str.replace()函数相比该方案表现出较高的效率优势：因为该算法只需对原始字符串进行单次遍历即可完成任务；而每次str.replace()操作都需要对整个字符串进行多轮扫描。

值得注意的是，在上述代码中字符串反转采用了Python-style的一个巧妙技巧：s[::-1]。为了进一步了解这一技巧及其相关应用，请参阅我的文章《文章标题》。

C版本：基于数组
代码如下：

此方法基于字符对应的[ASCII码]进行处理，并将其转换为具体的数值形式以便后续操作。在此基础上，该数值进一步转换为数组中的位置标识符（index），从而实现了字符间的相互映射关系。经测试发现，在性能方面[C语言]表现最为突出。

值得注意的是，在上述代码中使用的数组不仅能够完成四种基本碱基（A, G, C, T, N）之间的映射关系。此外，该数组还支持退火核苷酸间（如鸟嘌呤-胸腺嘧啶配对）的映射关系。（其中 Degenerate bases 是指能够满足特定条件的核苷酸配对方式）此外，在 seqtk 库中提供了该功能的具体实现细节。

值得注意的是，在上述代码中使用的数组不仅能够完成四种基本碱基（A, G, C, T, N）之间的映射关系。此外，该数组还支持退火核苷酸间（如鸟嘌呤-胸腺嘧啶配对）的映射关系。（其中 Degenerate bases 是指能够满足特定条件的核苷酸配对方式）。此外，在 seqtk 库中提供了该功能的具体实现细节。

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(公众号：生信了）