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OncoKB:肿瘤药物靶点相关基因组变异数据库

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OncoKB平台收集了与肿瘤发生和发展相关的临床有意义的基因组变异数据,并对每个变异进行了详细的描述和分析。具体而言,该平台针对每个基因突变提供了包括生物学影响、药物相互作用、预后结果以及治疗效果等方面的具体信息,并附上了相关文章链接

http://ascopubs.org/doi/full/10.1200/PO.17.00011

数据库的网址如下

http://oncokb.org/

基于基因的数据库以基因为核心,在每个基因水平上包含了其变异特征、涉及的癌症类型以及相关的实验数据和研究结果。具体示例如图所示。

根据实验证据的来源和可信度,划分为下图所示的不同等级

level1和level2A是具有临床价值的基因组变异,在Actionable Genes菜单中能够检索这些基因突变与药物相互作用的相关信息,请参考以下内容

点击每个基因ID, 可以查看该基因上所有的基因组变异,分为两类

  1. Clinically Relevant Alterations

  2. All Annotated Alterations

ABL1为例,示意如下

利用该菜单Cacner Genes能够方便地进行肿瘤原癌基因和抑癌基因列表的查询,请参考以下具体操作步骤

除了提供查询功能之外

https://github.com/oncokb/oncokb-annotator

该数据库中的信息已被成功地融合进cBioPortal平台内,并能更加有效地推进科学家们在肿瘤研究领域的探索与进展。

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