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科研绘图系列:ggpubr包绘制SCI图

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ggpubr是一款专为R语言设计的可视化工具包,默认采用“傻瓜式”绘图方式,在数据可视化领域尤其适合初次接触R语言的用户群体使用。该工具集成了多个统计图形功能模块,并支持以下常见图表类型及衍生功能:包括但不仅限于密度分布(density)、柱状分布(histogram)、箱线分布(boxplot)、小提琴分布(violin)、点分布(dotplot)、有序条形分布(ordered bar plots)、偏差分布(deviation graphs)、棒棒糖分布(lollipop chart)以及散点分布(scatterplot)。此外还支持添加回归分析曲线、“聚类椭圆”(concentration ellipses)、均值标记及星号显示、“数据标签”显示等高级分析功能,并提供多种组合展示方式以优化图形效果。

介绍

ggpubr是我常用且非常熟悉的R工具包,在其图形绘制功能上尤其令人印象深刻。对于那些刚入门学习R作图的人来说非常直观友好。这个包包含了一个名为statistical comparison means function的组件(参考文档),它能够执行组间假设检验分析。

安装R包

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密度图density

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柱状图histogram

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箱线图boxplot

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小提琴图violin

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点图dotplot

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有序条形图 ordered bar plots

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偏差图Deviation graphs

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棒棒糖图 lollipop chart

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偏差图Deviation graph

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散点图scatterplot

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添加回归线的系数

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该方法主要涉及聚类中的椭圆 concentration ellipses

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添加mean和stars

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显示点标签

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气泡图bubble plot

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连线图 lineplot

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添加边沿图 marginal plots

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第二种添加方式: 分别画出三个图,然后进行组合

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上图主图和边沿图之间的space太大,第三种方法能克服这个缺点

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第四种方法,通过grob设置

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二维密度图 2d density

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混合图

混合表、字体和图

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注释table在图上

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systemic information

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