代谢组学数据分析及网络药理学研究技术与实践
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| 一、代谢组学研究技术与实践 | 1、代谢组学简介及样本的采集与制备关键问题探讨 1.1 代谢组学概述 1.2 代谢组学操作流程 1.3 样本的采集、储存与制备关键问题 2、代谢组学数据采集与预处理，决定数据统计结果的准确性 2.1 常用技术平台介绍（NMR和LC-MS） 2.2 常用软件和数据库介绍（代谢物鉴定、数据预处理与分析） 2.3 数据预处理，包括数据归一化、标准化和数据转化以及缺失值评估等 3、基于SIMCA-P软件的代谢组学数据多元统计分析与实操 3.1 样本分类（无监督和监督模式） 3.2 差异变量筛选（S-plot、S+V-plot、VIP、biplot等） 3.3 常见图形结果解读 |
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| 二、网络药理学研究技术与实践 | 4、网络药理学研究思路和流程 5、网络药理学数据分析与实操 5.1 化学成分的获取与筛选（Pubchem、TCMSP数据库、TCMID数据库、Swiss ADME数据库等） 5.2 中药化学成分靶点获取（TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库、Similarity Ensemble Approach (SEA)数据库、HitPick数据库、Swiss Target Prediction数据库等） 5.3 疾病靶点富集数据库（DisGeNET数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库等） 5.4 化合物与疾病靶点映射（韦恩图） 5.5 PPI网络分析（PPI网站的构建、PPI核心网络的筛选） 5.6 富集分析（DAVID数据库、Metascape 数据库） 5.7 网络图构建—Cytoscape（数据导入、节点关系的建立、节点属性计算、调整网络样式、筛选及过滤、网络图导出） |
| 三、代谢组学与网络药理学结合研究技术与实践 | 6、代谢组学与网络药理学结合研究思路 7、代谢组学与网络药理学结合分析技术 7.1 代谢组学与网络药理学数据的获取（HMDB数据库、成分靶点获取、疾病靶点富集数据库、 代谢专属数据库） 7.2 代谢组学功能分析（富集分析、通路分析等） 7.3 代谢小分子网络关联分析（Metscape软件、KEGG数据库、OmicsNet数据库） 7.4 代谢组学与网络药理学功能层次关联分析 |
| 四、文献解读及实例解析 | 8、文献解读：代谢组学与网络药理学结合的文章分析流程和套路 8.1 中药化学成分靶点与代谢小分子网络分析实例 （Food Res Int. 2020, 136:109503） 创新点：采用Metscape软件对代谢组学发现的差异代谢物和中药成分的药物靶点关联，聚焦关键蛋白。 |
8.2基于功能富集的代谢组学与网络药理学关联研究实例（J Ethnopharmacol. 2021, 264:113281）作为创新点展示了...
8.3基于代谢组学与网络药理的关联分析实例（Comput Struct Biotechnol J. 2021, 19:1002-1013）创新点在于通过整合代谢组学与网络药理学研究发现羟基红花黄色素A在抗急性脑外伤中的作用机制及其损伤
9、实例解析与练习
9.1 通过TCMSP数据库获取并筛选化学成分
9.2 利用Swiss Target Prediction数据库预测化合物的靶点
9.3 从DisGeNET数据库中获取疾病靶点信息
9.4 建立化合物与疾病靶点之间的映射关系
9.5 绘制PPI网络图
9.6 采用DAVID软件进行功能富集分析
9.7 运用Cytoscape工具构建化合物-靶点关联网络
9.8 利用Metscape工具绘制代谢通路相关性网络图
qq：2048724316
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