单细胞转录组分析R包安装
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下载了R语言和Rstudio以后，要进行单细胞转录组分析，首先要下载安装单细胞转录组分析所需的R包，这些包分为用install.package命令可以直接从CRAN下载安装的基础包、用BioManager::install命令从bioconductor下载的包、用devtools下载安装的包。
首先，从tools->global options->packages->primary CRAN repository更改合适的CRAN源，下载安装基础包：
CRAN的镜像列表参见网站：https://cran.r-project.org/mirrors.html
# 安装基础包
install.packages("devtools", dependencies=T)
install.packages("BiocManager", dependencies=T)
install.packages("tidyverse", dependencies=T)
install.packages('Seurat', dependencies=T)其次，更改合适的Bioconductor的镜像源并用BioManager::install命令下载安装相应的包：
Bioconductor的镜像源可以从bioconductor的官网查到：https://bioconductor.org/about/mirrors/
# 设置国内镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.nju.edu.cn/bioconductor/")
# 使用BiocManager安装分析包
BiocManager::install(c("SingleR","monocle", "DESeq2"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("clusterProfiler","DOSE","pheatmap"),ask = F,update = F)
BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","org.Mm.eg.db","org.Rn.eg.db"),ask = F,update = F)再次，用devtools下载之前下载Rtools：
https://mirrors.nju.edu.cn/CRAN/
再用devtools下载安装相应的包
devtools::install_github('RGLab/MAST', upgrade=F, build_vignettes = T)reference：
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