如何在Ubuntu上安装R包之单细胞Seurat
发布时间
阅读量：
阅读量
直接安装，必然等待时间良久，最终大堆报错。（个人经验,大咖肯定都安装好配置文件，必然不报错
）
BiocManager::install("Seurat")
2.所以我们先安装一些必备文件。
在终端输入以下代码。
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libpng-dev
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install gfortran ###(这个可以自行选择版本）
3.继续尝试打开R，输入BiocManager::install("Seurat")。依然报错。
提示rgeos,SeuratObject包发生错误。我们一个一个解决。
4.安装rgeos包。BiocManager::install("rgeos")
上述为报错原因，可以看到提示找不到geos-config。
5.安装SeuratObject包。BiocManager::install("SeuratObject")
提示是由于没有安装依赖包rgeos,所以我们解决regos包就好了。
6.q()退出R，回到终端。依然一行代码解决。当然你也可以自行去下载（wget http://download.osgeo.org/geos/geos-3.9.3.tar.bz2）并解压，然后编译安装。
我们一行代码如下
sudo apt-get install libgeos-dev
安装完毕后，进入R，BiocManager::install("rgeos")就没有问题啦。
7.继续安装Seurat
BiocManager::install("Seurat")
这下就安装成功了。赶紧进行单细胞测序分析吧
全部评论 (0)
还没有任何评论哟~