lammps案例：溶液剪切流动模拟代码分享
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本文分享了使用LAMMPS对溶液剪切流动进行的数值模拟案例研究。通过设置上下壁面沿相反方向移动以产生剪切流动，并利用分组计算的速度分布方法对流体内的速度场进行了详细分析。模拟结果通过文件vel.profile.dat和vel.solid.dat保存，并提供了完整的LAMMPS源代码供参考（来自Simon Gravelle主页）。
改写说明
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在本研究案例中包含两个核心的模拟代码体系。（1）壁面受力与速度设定步骤 首先将壁面原子在其x轴方向上的受力值设定为零值；随后通过velocity命令实现上下两壁面向相反方向运动从而构建起剪切流动场
fix mysf1 gwalltop setforce 0 NULL NULL
fix mysf2 gwallbot setforce 0 NULL NULL
velocity gwallbot set -20e-5 NULL NULL
velocity gwalltop set 20e-5 NULL NULL（2）速度分布
compute cc1 gliquid chunk/atom bin/1d z 0.0 1.0
fix myac1 gliquid ave/chunk 10 15000 200000 cc1 vx file vel.profile.dat具体的in文件代码为：
#author：Simon Gravelle
#模型基本设置
boundary p p p
units real
atom_style full
bond_style harmonic
angle_style harmonic
pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.1546 12.0
kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4
#读取data文件
read_data system.data
change_box all z final -40 40
#读取势函数参数
include PARM.lammps
#分组设置
group gH2O type 1 2
group gNa type 3
group gCl type 4
group gliquid type 1 2 3 4
group gwall type 5
region rtop block INF INF INF INF 0 INF
region rbot block INF INF INF INF INF 0
group gtop region rtop
group gbot region rbot
group gwalltop intersect gwall gtop
group gwallbot intersect gwall gbot
#分组弛豫
fix mynve all nve
compute tliq gliquid temp/partial 0 1 1
fix myber1 gliquid temp/berendsen 300 300 100
fix_modify myber1 temp tliq
compute twall gwall temp/partial 0 1 1
fix myber2 gwall temp/berendsen 300 300 100
fix_modify myber2 temp twall
fix myshk gH2O shake 1.0e-4 200 0 b 1 a 1
fix myrct all recenter NULL NULL INIT
#设置上下壁面的受力
fix mysf1 gwalltop setforce 0 NULL NULL
fix mysf2 gwallbot setforce 0 NULL NULL
#设置向下壁面沿x方向双向移动
velocity gwallbot set -20e-5 NULL NULL
velocity gwalltop set 20e-5 NULL NULL
# 输出模拟结果
dump mydmp all atom 5000 dump.lammpstrj
thermo 500
thermo_modify temp tliq
#计算溶液的速度分布
compute cc1 gliquid chunk/atom bin/1d z 0.0 1.0
fix myac1 gliquid ave/chunk 10 15000 200000 cc1 vx file vel.profile.dat
#计算壁面的速度分布
compute cc2 gwall chunk/atom bin/1d z 0.0 1.0
fix myac2 gwall ave/chunk 10 15000 200000 cc2 vx file vel.solid.dat # tag:200ps
#输出壁面的受力
fix myat1 all ave/time 10 100 1000 f_mysf1[1] f_mysf2[1] file forces.dat
#步长1fs
timestep 1.0
#启动运算
run 200000全部源代码可到Simon Gravelle主页下载
https://lammpstutorials.github.io/tutorials/03-NanoconfinedElectrolyte.html公众号：lammps加油站
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