宏基因组分析函数总结
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| 分析内容 | 输入数据 | 是否标准化 | 处理主要函数 |
|---|---|---|---|
| Rarefaction | 物种分类注释结果（Count数） | F | rarecurve（） |
| Specaccum | 物种分类注释结果（Count数） | F | specaccum（） |
| alpha | 物种分类注释结果（Count数） | T rrarefy() | diversity() |
| beta | 物种分类注释结果(相对丰度)（prop.table(data,2)） | T decostand()(Standardization Methods for Community Ecology) | |
| 物种组成 | 各层级物种分类注释结果(相对丰度)（prop.table(data,2)） | F | melt() |
| 物种丰度热图 | 各层级物种分类注释结果(相对丰度)（prop.table(data,2)） | F | log2(data + 1) |
| 物种Venn图 | 物种分类注释结果（Count数） | T rrarefy() | |
| 聚类 | 物种分类注释结果（Count数） | F | dist()hclust() |
待续~~~
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