R语言---下载R包提示00LOCK-dplyr解决
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R语言—下载R包提示00LOCK-dplyr解决
1.遇到问题（R版本3.5.1）
在使用其他软件时会调用R包dplyr，此时该软件包显示当前版本已不足，可能导致其他软件无法正常运行。因此必须升级该R包。当时考虑的是先卸载现有版本随后安装最新版本。
运行命令`remove.packages("dplyr")$以移除该包后，在安装其他包时会自动从库中重新获取所需的依赖项
ERROR: failed to lock directory ‘/data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library’ for modifying
Try removing ‘/data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library/00LOCK-dplyr’
Warning in install.packages :
installation of package ‘dplyr’ had non-zero exit status
handlebars2. 搜索问题
搜索这个问题时，尝试了几个方法都没有解决，看到下面的链接：
https://github.com/stan-dev/rstanarm/issues/543
handlebars按照里面的方法，删掉LOCK文件；
rm -rf /data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library/00LOCK-dplyr
handlebars3. 尝试本地安装
因为当前环境中使用的R版本为R3.5.1，并且考虑到R更新版本较多的情况，请先进行本地安装。
## 下载source package
wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/dplyr_1.0.8.tar.gz
## 进入R环境
R
## 尝试本地安装
> install.packages("./dplyr_1.0.8.tar.gz",type="source",repo=NULL)
ERROR: dependencies ‘generics’, ‘lifecycle’, ‘vctrs’ are not available for package ‘dplyr’
* removing ‘/data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library/dplyr’
Warning message:
In install.packages("./dplyr_1.0.8.tar.gz", type = "source", repo = NULL) :
安装程序包‘./dplyr_1.0.8.tar.gz’时退出狀態的值不是0
handlebars
从上面可以看到，存在三个依赖包，直接下载出现报错：
> install.packages(c("generics", "lifecycle","vctrs"))
Warning message:
packages ‘generics’, ‘lifecycle’, ‘vctrs’ are not available (for R version 3.5.1)
handlebars手动下载：
wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/generics_0.1.2.tar.gz
wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/lifecycle_1.0.1.tar.gz
wget -c https://cran.r-project.org/src/contrib/vctrs_0.3.8.tar.gz
handlebars在R环境中手动安装这三个软件包，在此过程中有两个软件包的安装过程均顺利完成。然而，在尝试使用第三个软件包时遇到了问题，并最终导致整个操作中断的原因是缺少必要的依赖项 ellipsis:,
> install.packages("./vctrs_0.3.8.tar.gz", type="source", repo=NULL)
ERROR: dependency ‘ellipsis’ is not available for package ‘vctrs’
* removing ‘/data/cfc424_data/biosoft/miniconda3/lib/R/library/vctrs’
Warning message:
In install.packages("./vctrs_0.3.8.tar.gz", type = "source", repo = NULL) :
安装程序包‘./vctrs_0.3.8.tar.gz’时退出狀態的值不是0
handlebars原本以为安装完上面vctrs的所有依赖就足够了。然而实际情况是发现后面仍然存在大量未解决的依赖问题。经过分析我认为这可能归因于R版本过于老旧所致。因此决定放弃当前版本并采用conda重新构建一个完整的R环境以确保所有依赖都能得到满足
记录
注意，在经历了上述操作后发现,过于老旧的 R 版本（如 R3.5.1）可能会导致 R 包安装出现问题。在之前的步骤中下载的那个 R 包是与当时的运行环境相兼容配置好的,而现在所下载的新版 R 包却需要更高的版本兼容性,因此必须先更新所有相关的依赖软件。然而,对于那些对依赖软件要求极高的项目,在无法满足相关需求时应及早终止开发。
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