Conda下载生物信息学工具

文章目录

• • 概要
  • 整体架构流程
  • 技术名词解释
  • 技术细节
  • 小结

每次下载软件都要先创建环境

    conda activate rna
    
    

sra-tools

    conda install -c bioconda sra-tools
    
    

这条命令会告诉Conda从Bioconda渠道安装SRA Toolkit。Bioconda是一个专门用于生物信息学软件包的Conda渠道，提供了许多常用的生物信息学工具和软件包。执行上述命令后，Conda会自动下载并安装SRA Toolkit到当前的Conda环境中。

STAR

 #在 Ubuntu 上安装 Git

    
 sudo apt update
    
 sudo apt install git
    
 #使用 Git 工具从 STAR 的 GitHub 仓库中克隆代码到您的当前目录下
    
 git clone https://github.com/alexdobin/STAR.git
    
 # STAR（RNA-Seq比对工具）的可执行文件路径添加到系统的 PATH 环境变量中
    
 export PATH=/home/lumino/STAR/bin/Linux_x86_64:$PATH
    
 #确认STAR安装完成和版本
    
 which STAR
    
 STAR --version
    
  
    
    
    
    

samtools

 sudo apt-get update

    
 sudo apt-get install samtools
    
 #验证samtools安装成功
    
 samtools
    
    
    
    

Bowtie2

 sudo apt install bowtie2

    
 #下载bowtie
    
 bowtie2 --version
    
 #确认安装路径和版本
    
    
    
    

stringtie

StringTie是一个用于RNA-Seq数据分析的软件工具，主要用于转录本组装和定量。具体来说，StringTie可以帮助研究人员对RNA-Seq数据进行转录本拼接，即将短读序列比对到基因组上后，根据比对结果重构出可能存在的转录本结构。

StringTie的主要功能包括：

转录本组装：根据RNA-Seq数据，StringTie可以重构出可能存在的转录本结构，包括已知和未知的转录本。
转录本定量：StringTie可以对转录本进行定量，估计其表达水平，帮助研究人员了解不同转录本的表达情况。
转录本注释：StringTie可以根据已知的基因组注释信息对转录本进行注释，帮助研究人员理解转录本的功能和特征。

    conda install -c bioconda stringtie
    
    

cufflinks

Cufflinks是一个用于RNA-Seq数据分析的软件工具，主要用于转录本组装和表达水平估计。以下是Cufflinks的一些主要特点和功能介绍：

转录本组装：Cufflinks可以根据RNA-Seq数据对转录本进行组装，包括检测新的转录本、识别外显子边界和连接外显子，从而重建基因的转录本结构。

表达水平估计：Cufflinks可以根据RNA-Seq数据估计基因和转录本的表达水平，提供FPKM（每百万读数的碱基数）和TPM（每百万转录本的碱基数）等表达水平指标。

差异表达分析：Cufflinks可以用于比较不同条件下的基因和转录本的表达水平，从而进行差异表达分析，帮助研究人员发现与特定生物学过程相关的基因。

多样性分析：Cufflinks支持对多样性样本的RNA-Seq数据进行分析，可以处理多个样本的数据，进行批量处理和比较分析。

可视化输出：Cufflinks提供了丰富的可视化输出，包括转录本结构图、表达水平热图、差异表达基因的聚类图等，帮助用户直观地理解分析结果。

总的来说，Cufflinks是一个功能强大的工具，适用于RNA-Seq数据的转录本组装和表达水平分析，为研究人员提供了丰富的功能和可视化工具，帮助他们深入理解基因表达调控的机制。

 sudo apt install cufflinks

    
 which cufflinks
    
    
    
    

gffcompare

    conda install gffcompare -c bioconda 
    
    

y