基因组生物信息实验（一）：分析平台
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基因组生物信息实验（一）：分析平台
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1、硬件平台
Intel® Core™i7-5500U CPU @ 2.40GHz
2、操作系统
Windows 8.1中文版、Ubuntu 16.04
分析软件
ART（发布日期：2016年6月5日）、Web版QUAST、Samtools 1.x版本、bowtie2 2.x.x版本、Fastqc x.x.x versions、SOAPdenovo x.x versions、Blast x.x+x versions、Rstudio 3.x versions、Python (x.y.z) version、gffcompare x.x+x versions、Augustus x.x versions、IGV (x.y.z) version
4、生物信息学资源
5、分析软件的对应链接
1、Analysis Tools：http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/art/
2、FastQC Analysis Tool：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
3、QUAST Analysis Pipeline：http://quast.bioinf.spbau.ru
4、GFF Compare Tool：http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gffcompare.shtml
5、Integrative Genomics Viewer：http://software.broadinstitute.org/software/igv/
6、BowTie 2 Alignment Software for Illumina Sequencing：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html
7、NCBI BLAST Server Execution File：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
8、AUGUSTUS RNA Processing Pipeline：http://bioinf.unigreifswald.de/augustus/binaries/old/augustus-3.3.tar.gz
9、SAMTools Sequence Analysis Suite：http://samtools.sourceforge.net