10月11号Python生物信息学数据管理
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第六章笔记
1，列表中删除元素：
pop()函数会返回删除的该元素的值，默认删除最后一个元素，想删除指定位置，则在括号内加入数字，例如：data.pop(5)。
内置函数del data[i] 也可以
想删除定值用remove方法，data.remove(5)，删除列表中的5。
以上函数都会永久修改原始列表。
2，字典里删除元素：
pop()可以，d.pop()括号必须是键。
del()也可以，del d['a'] ，这里'a'是键。
3，删除文本中特定行
in_file = open('text.txt')
out_file = open('new.txt', 'w')
index = 0
indices_to_remove = [1, 2, 5, 6]
for line in in_file:
index = index + 1
if index not in indices_to_remove:
out_file.write(line)
in_file.close()
out_file.close()
4，保持顺序删除重复
input_file = open('UniprotID.txt')
output_file = open('UniprotID-unique.txt','w')
unique = []
for line in input_file:
if line not in unique:
output_file.write(line)
unique.append(line)
input_file.close()
output_file.close()
5，集合：唯一对象的无序组合。不支持索引和切片。
创建集合：
>>> s = set([1, 2, 3])
>>> s
{1, 2, 3}
4 >>> s
{1, 2, 3, 4}
>>> s.add(4)
>>> s
{1, 2, 3, 4}
集合方法：
update()是将几个元素添加到集合，例：s1.update(['a','b'])
s1.union(s2)指s1和s2的并集；
s1.intersection(s2)指s1和s2的交集；
s1.symmetric_difference(s2)指只在s1或s2的元素的合集，称为对称差；
s1.difference(s2)指只在s1不在s2的元素的合集；
自测题：
6.1
fasta_file = open('SwissProt.fasta','r')
out_file = open('SwissProt1.fasta','w')
seq = ''
for line in fasta_file:
if line[0] == '>' and seq == '':
header = line
elif line[0] != '>':
seq = seq + line.strip()
elif line[0] == '>' and seq != '':
print(seq)
print(header)
if seq[0] == 'M':
field = header.split('|')
out_file.write(field[1] + ' ')
seq = ''
header = line
out_file.close()
6.2
input_file = open('SwissProt.fasta','r')
output_file = open('习题6.1.txt','w')
count_line = 0
for line in input_file:
count_line += 1
if count_line % 2 ==0:
output_file.write(line)
output_file.close()
6.3
input_file1 = open('1.txt','r')
input_file2 = open('2.txt','r')
f1 = input_file1.readlines()
f2 = input_file2.readlines()
data1 = []
data2 = []
for line in f1:
data1.append(line.strip())
for line in f2:
data2.append(line.strip())
only_1data = []
only_2data = []
common_data = []
common_ = 0
only_1 = 0
only_2 = 0
for fig in data1:
if fig in data2:
common_ += 1
common_data.append(fig)
else:
only_1 += 1
only_1data.append(fig)
for fig in data2:
if fig in data2 and fig not in data1:
only_2 += 1
only_2data.append(fig)
print('共有的行：',common_,common_data,)
print('只在1中的行：',only_1,only_1data)
print('只在2中的行：',only_2,only_2data)
参考：使用dict和set - 廖雪峰的官方网站 https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0014316089557264a6b348958f449949df42a6d3a2e542c000/00143167793538255adf33371774853a0ef943280573f4d000
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