python三维图旋转_3D图像旋转简单的ITK Python(3D Image Rotation Simple ITK Python)

3D图像旋转简单的ITK Python(3D Image Rotation Simple ITK Python)

我目前在试验使用Simple ITK实现3D图像的旋转功能。这是我的代码库：其中imagetoresize变量存储的是原始图像数据。该图像的空间分辨率设置为512×512×149像素尺寸。

targetimage = imagetoresize

origin = imagetoresize.GetOrigin()

targetimage = imagetoresize

imagetoresize.SetOrigin((0,0,0))

transform = sitk.VersorTransform((0,0,1), np.pi)

transform.SetCenter((256,256,74))

outimage = sitk.Resample(imagetorsize, target image size, transform, sitk.sitkLinear,[0, 0, 0],spatial resolution,direction information)

outimage.SetOrigin(origin)

代码旋转图像但中心移动。

旋转后的 原始图像

有人可以向我解释为什么中心会被转移吗？

任何帮助都感激不尽。

Currently, I am performing a 3D-image rotation using Simple ITK. My code utilizes an imageResizer to handle the original image. The dimensions of the original image are (512, 512, 149).

targetimage = imagetoresize

origin = imagetoresize.GetOrigin()

targetimage = imagetoresize

imagetoresize.SetOrigin((0,0,0))

transform = sitk.VersorTransform((0,0,1), np.pi)

transform.SetCenter((256,256,74))

outimage 等于 ImageResamplingModule.Resample(imageToSize, targetImageSize, transform, sitk.sitkLinear插值方法,[0 0 0]设置为偏移量向量, imageToSize-spacing 设置为采样间距,imageToSize-direction 设置为方向向量)

outimage.SetOrigin(origin)

The code rotates the image but the center is shifted.

Orginal Image Image after rotate

Can someone explain to me why the center is shifted?

Any help will be much appreciated.

原文：https://stackoverflow.com/questions/44457722

2020-02-11 14:53

满意答案

您将以像素而不是物理空间设置旋转中心。

主要在物理空间而非索引空间完成转换与重采样。无需一定将图像的原点设为零。我倾向于建议采用imagetoresize.TransformContinuousIndexToPhysicalPoint（center_index）这一方法来确定物理空间的中心位置。

You are defining the pivot point for rotation as a pixel coordinate value and not considering the actual physical dimensions.

SimpleITK 和 ITK 在进行空间变换和采样时, 是在物理空间而非索引空间进行操作。因此, 设定输入图像的原点为零点是不必要的。我认为, 使用 interpolator 的连续索引到物理点转换函数来获取物理空间中的中心位置会更加合适。

2017-06-09

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ImagePCAShapeModelEstimator目前还没有被包含在ITK中。如果您访问ITK存储库，则必须使用“.wrap`文件来完成打包过程。这个班级目前缺乏引用文献[1]。通过查找类似类的打包文件并复制它们通常不难。[1] https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITK/tree/13ff271d953658d192805f6ddc3a15d5ae94a5bd/Modules/Filtering/ImageStatistics/wr...

目前尚无明确的Python文档可供参考。然而这对深入理解RotateWXYZ的工作原理非常有帮助：http ：//www.vtk.org/doc/nightly/html/classvtkTransform.html#a9a6bcc6b824fb0a9ee3a9048aa6b262c 若要构建所需的变换，则需将旋转矩阵和平移向量结合使用以形成一个齐次坐标系中的方阵。通常我们会将旋转矩阵放置在齐次坐标系的第一列和第一行位置而平移向量则放置于第四列（即右列）。需要注意的是该方阵的最后一行为零（除了最后一个元素为一）。进一步详细信息可参考以下部分：例如：[接下来的内容]具体参数如[给出数值]等

此问题不在于const类型-你可以从const分配该类型变量但不能对该变量进行赋值。该函数返回的是一个itk::ImageRegion类型的对象-这个类具有更复杂的属性-这些成员包括Index和Size类型的对象。无法直接找到将此区域转换为双精度浮点数的方法-将此区域强转为double类型并无实际意义。建议您查阅ShapeLabelObject类的相关文档以了解哪些方法能强制返回double型数据-例如，请参见GetNumberOfPixels()方法-它会返回一个Size类型的值

只是改变 int dimensions[ ImageDimension ];

至 npy_intp dimensions[ ImageDimension ];

并重新编译。 Just change int dimensions[ ImageDimension ];

to npy_intp dimensions[ ImageDimension ];

and recompile.

已经解决。 感谢@wasthishelpful，请您查看这个例子

您应将旋转中心设置为像素坐标而非物理空间坐标。 SimpleITK（以及ITK）在物理空间而非索引空间执行转换与重采样操作。 不必强制将图像原点置于零点。 我认为应调用imagetoresize中的TransformContinuousIndexToPhysicalPoint函数来获取正确的物理位置坐標點。 You are setting the center of rotation in pixels and not in physical space. SimpleITK (and ITK) perform transformations and resampling in physical space rather than index space. It is not necessary to set the image origin to zero. I believe you should call the imagetoresize function to get the correct physical position coordinates.

答案相当直接：在Python中，“float”通常对应C中的double类型。在ITK环境中,F3被定义为一个32位浮点数。为了实现其功能,请正确设置ndarray的数据类型并导入ITK库.

imageType = itk.Image.F3

buf = scipy.zeros( (100,100,100), dtype = numpy.float32)

itkImage = itk.PyBuffer[imageType].GetImageFromArray(buf)

The answer was e...

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