宏基因组小结
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概念
宏基因组（Metagenome）是指环境中的所有微生物遗传物质的集合体，其中既包含能够进行培养的微生物菌群DNA序列，也包含难以分离鉴定的微生物组。
宏基因组学是以特定环境下的微生物群体基因组为主要研究对象，并通过新一代高通量测序技术（NGS）探究环境微生物群落的结构、物种组成、系统进化规律以及各基因的功能特征及其代谢网络等多方面特征及其功能网络。
对该特定环境中的微生物基因组进行解析后，则能够获取该群落中各类微生物及其全部基因的信息，并有助于深入探究该生态系统的功能特性。
应用：***（重点）
分析技术
1、测序数据质量评估，去接头、低质量（ Trimmomatic/fastp ）
2、拼接（MEGAHIT，资源消耗少，时间消耗短，组装结果优，reads利用率高）
3、基因定位采用MetaGeneMark算法进行定位，并剔除长度不足100个碱基对的核酸序列
4、去除冗余，构建基因集（cd-hit, cd-hit-est）
5、基因丰度评估（利用 Bowtie2 进行对比分析，并进行统计对比结果的比对。条件：在比对结果中，并满足一定质量标准）
6、差异基因分析（包括轶和检验、LEfSe组间差异分析、STAMP差异分析）
7、基因注释 （软件：diamond 数据库NR、KEGG、COR、CAZy、CARD）
8、物种注释（LCA NCBI Taxonomy）
aphla多样性分析（稀释曲线、累积曲线、多样性指数)
beta多样性分析（PCA、PCoA、Anosim、NMDS）
分类组成分析（物种分类、物种丰度、聚类分析、Venn 图、三元相图、GraPhlAn）
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