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生物医学工程实用在线工具

阅读量:

作者:uptbio
链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/224924018
来源:知乎

在线工具通常具备"强大功能、简便操作、无需下载、使用即停止"等特点,并能快速实现"在他人服务器上分析本地数据"的功能。

2.Mfold
工具链接:http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold

该RNAfold工具的地址为:http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

4.String
工具链接:https://string-db.org/

5.Coexpedia:
工具链接:http://http://www.coexpedia.org/

6.MEME工具
链接:http://meme-suite.org/

7.Weblogo
工具链接:http://weblogo.threeplusone.com/

8.Genecard
工具链接:http://www.genecards.or

9.ESPript:
工具链接:http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi

10.BioMar
工具链接:http://www.ensembl.org/index.html

11.g:profiler
工具链接:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert

  1. UniPort的Retrieve和ID映射在线工具:UniPort网站上提供此功能

13.bioDBnet
工具链接:https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/

14.Venny2.0
工具链接:http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

15.OMICSHARE Venn diagram tool 工具链接:http://www.OMICSHARE.com/tools/Home/Soft/Venn

16.Ternary plot maker
工具链接:https://www.ternaryplot.com/

17.FGENES
工具链接:http://softberry.com/

18.iTOL
工具链接:https://itol.embl.de/

19.Evolview
工具链接:http://www.evolgenius.info/evolview/

20.Promoter Scan
工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

21.PredictProte
工具链接:https://www.predictprotein.org/home

22.ProtParam tool
工具链接:http://web.expasy.org/protparam/

23.SignalP
工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

24.TMHMM Server v. 2.0
工具链接:http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

25.PSORT
工具链接:https://www.psort.org/

26.SWISS-MODEL
工具链接:https://swissmodel.expasy.org/

27.Phyre2
工具链接:http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index

28.Cap3
工具链接:http://doua.prabi.fr/software/cap3

OmicShare GO 是一个专注于提供丰富的基因表达数据分析的平台。该平台提供了富集分析相关工具,并可通过访问以下链接获取详细信息:基因表达数据解析

基于KEGG的OmicShare富集分析在线工具;访问地址为:http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html。

OMICSHARE 趋势分析平台 可访问链接:http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend

32.Pfam
工具链接:http://pfam.xfam.org/search

33.SMART
工具链接:http://smart.embl-heidelberg.de/

34 GenomeScope 的在线工具链接为:QB\#example2

35.CIRCOS
工具链接:http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

该平台提供'Omicshare 热图工具'功能。访问该平台的热图工具部分可获取详细说明。

Omicshare提供的注释工具,请访问链接:https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/getsoft/type/annotation

38.CellMarker应用平台链接:http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jsp圆周RNA资源库

39. circBase
工具链接:http://www.circbase.org/

40. CIRCpedia
工具链接:http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

41. deepBase
工具链接:http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

42. sRNAanno
工具链接:http://www.plantsRNAs.org

  1. TANRIC(生物信息学中的基因表达分析工具)的官方在线演示页面:https://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview

44. NONCODE
工具链接:http://www.noncode.org/

45. starBase
工具链接:http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

46. miRSponge
工具链接:http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/

47. ExPASy Translate tool
工具链接:https://web.expasy.org/translate/

48. ORFfinder
工具链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

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