R shiny: 部署时遇到报错 Unable to determine package source for Bioconductor package XXX: Repository must be
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遇到的问题
在安装Shiny应用时出现错误提示：
无法确定Bioconductor包XXX的包源（来自Bioc），请确保指定仓库。
解决方法
官方附上的原因是因为你的repos中没有Bionconductor：
- (可能不是必要的)
将你的R包和Bioc包都更新到最新版本。
-
安装R可以通过以下方法实现：调用installr包中的updateR()函数。
- 探索Bioc包的更新过程可能会有帮助；之前尝试的命令行较多可能会让人感到繁琐。
BiocManager::repositories(version="3.13")(3.13版本严格对应R 4.1.1版本)
devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")
devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager")
install.packages("BiocManager")
- 探索Bioc包的更新过程可能会有帮助；之前尝试的命令行较多可能会让人感到繁琐。
将Bioc集成到default（值）中，并将其设置为仅包含CRAN库
准确无误地运行该命令setRepositories()后，请依次输入数字2以将Bioc库加入repos字段中。（不确定是否可以输入其他数字）
如果没有问题的情况下，则理论上应该能够顺利完成部署工作；然而，在实际操作过程中却意外地出现了新的错误信息，请注意检查相关配置参数设置是否正确
搜了一下后，输入Sys.setenv(R_INSTALL_STAGED = FALSE)解决。
可能会遇到这个问题：你的某个软件包还没有升级到最新更新版。由于没有截图，这里就不提供错误信息了。你可以选择删除后重新安装程序即可解决。
参考
在一段时间内又访问了众多谷歌讨论组、GitHub Issues以及其他网站上的问答帖子。由于这些资源种类繁多且发布于较早的时间跨度内，在尝试解决当前问题的过程中未能彻底找到合适的解决方案。
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