蛋白对接_蛋白与蛋白的互作（和分子对接）
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向师兄请教蛋白质分子对接相关工作一段时间后,发现确实需要回顾基础知识,于是开始系统复习.与此同时,整理出一份关于蛋白质分子对接的研究总结,周六即将进行预答辩环节,内心略显压力.然而,近期在研究蛋白质分子对接方面取得了一些成果,这些内容也容易被广泛搜索到.为了进一步传播这些研究成果,计划制作一份专题推送.
蛋白质三维结构预测、结果解读与评分
采用Autodock方法进行分子对接。准备工作包括：通过pymol软件查看分子的三维结构，并对水分子进行去除；随后分别提取蛋白质和小分子片段进行分析。
Autodock分子对接--2.蛋白和小分子的预处理(导出PDBQT)
Autodock分子对接--完结撒花！
建议您先查看蛋白质相互作用关系数据库；如若无法访问，请注意这是网络问题。
1.DIP
实验方法测定的蛋白质之间的相互作用。
2.BioGRID
以特定物种中涉及的蛋白质间相互作用为基础构建的数据集合，代表了各种相互作用的数据集合。
搜索基因名即可出结果，可以导出
3.STRING
实验测定已知的及计算方法预测的蛋白质间相互作用
搜索基因名可以得到互作关系图
4.ZDOCK(http://zdock.umassmed.edu/)
硬性对接方面而言，在线即提供免费资源均为硬性的。对于蛋白结构而言，则可以通过自行预测或者从PDB数据库获取详细信息，请参考以下文献：
关于如何进行蛋白质三维结构分析及结果评估，请查阅以下内容：
Autodock分子对接--1. 准备工作(使用pymol软件观察三维模型并剔除水分子后分别提取大分子与小分子部分)
(1)任务提交
操作流程如下：首先打开文件并将其上传；随后填入对应的学术邮箱地址；接着在最后面的一个"跳过残基"选项框中可以选择勾选"是"；最后点击提交按钮完成操作。
此外，在该资源页面中还可以找到相关的辅助工具和下载链接：https://vakser.compbio.ku.edu/resources/gramm/grammx/。
(2)下载和分析结果
下载top10的结果。
这是一个压缩包，需要解包解压，选第一个complex1.pdb。
基于PDBePISA进行研究对接访问该网页地址：http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html。
点点点
无需上传即可查看结果。我在实验中失败了,可能是因为其中一个蛋白过小导致的,所以决定下次再来解读结果,专注于撰写毕业论文去吧
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