生物信息与R语言(part1)--R包下载来源
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个人学习心得（Bioconductor简介）
参考文章：Bioconductor简介
文章目录
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- R包下载来源
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- CRAN
- Bioconductor
- GitHub
R包下载来源
生物信息学中，R包主要3种下载来源：CRAN, GitHub, Bioconductor.
CRAN
CRAN被称为Comprehensive R Archive Network（R综合典藏网）的简称。它不仅收藏了R语言的执行档下载版本、源代码以及相关说明文件，并且还包括了各种由用户撰写的软件包。
规范：
install.packages("包名")示例：
if (!requireNamespace("tidyverse"))
install.packages("tidyverse")在遭遇网络不通时, 可以通过浏览器获取R包源码, 并随后在本地进行安装操作.
install.packages("包名", type = "source", repos = NULL)
# type = "source" 表示，采用源码的形式安装
# repos = NULL表示，不联网下载注意，利用本地下载方式可能导致有些依赖包没有被下载。
Bioconductor
Bioconductor的建立是计算生物学与生物信息学发展的产物之一。其主要目标是显著降低计算生物学与生物信息学的学习门槛。随着计算生物学领域的进步，越来越多的数学工具与模型被应用到生物学研究中；同时，在这一领域取得长足发展的同时，在实验科学方面也出现了能够生成前所未有的高通量生物数据的情况；如何方便而准确地使用数据分析工具来处理海量的生物数据便成为了Bioconductor最直接的目标。
规范：
BiocManger::install()示例：
在获取R包之前，在获取过程中需要先获取BiocManager包以用于管理相关R包.
if (!requireNamespace("BiocManager"))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
BiocManager::install("Seurat")GitHub
GitHub（https://github.com/）是一个存储和管理软件项目（包括开放源代码型和私人封闭型）的平台。由于其主要依赖于Git协议来管理和版本控制代码的原因，该平台因此得名 GitHub 。该平台提供了大量公开发布学术文章及其相关代码供研究人员调用与引用。
示例：
devtools::install_github("IOBR/IOBR")全部评论 (0)
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