分子生物学数据库
通过核酸研究(NAR)对所有分子生物学数据库进行系统分类,并查阅相关文献《NAR Database Summary Paper Category List》中的详细信息
Nucleotide Sequence Databases (核酸数据库)
RNA sequence databases (RNA序列数据库)
Protein sequence databases (蛋白质序列数据库)
Structure Databases (结构数据库)
Genomics Databases (non-vertebrate) (非脊椎动物基因组数据库)
Metabolic and Signaling Pathways (代谢和信号通路数据库)
Human and other Vertebrate Genomes (人类及其他脊椎动物基因组数据库)
Human Genes and Diseases (人类基因和疾病数据库)
Microarray Data and other Gene Expression Databases (微阵列数据和其他基因表达数据库)
Proteomics Resources (蛋白质组学资源数据库)
Other Molecular Biology Databases (其他分子生物学数据库)
Organelle databases (细胞器数据库)
Plant databases (植物数据库)
Immunological databases (免疫学数据库)
Cell biology (生物学数据库)
代码解读
一些著名的机构有
NCBI
NCBI 美国NCBI 被收录于 GenBank、PubMed 和 dbSNP 等数据库;被提供给 Entre 和 BLAST 等检索工具
NCBI 美国NCBI 被收录于 GenBank、PubMed 和 dbSNP 等数据库;被提供给Entre 和 BLAST 等检索工具
EMBL
欧洲分子生物学实验室 European Molecular Biology Centre
EBI
European Bioinformatics Institute
欧洲生物信息学研究所在欧洲
EMBL自1992年成立以来设有一个下属机构
EMBnet
NIG
National Institute of Genetics (NIG)
日本国立遗传学研究所
负责维护 DDBJ 数据库:
Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan (CIBBDDB)
SIB
Swiss Institute of Bioinformatics 瑞士生物信息学研究所在
国内网站
北京大学生物信息中心
中国科学院上海生命科学研究所下的生物信息平台
华大基因科技
数据库
GenBank
涉及 EST(表达序列标签)、GSS(基因组勘测序列)、RefSeq(参考序列)、TPA(第三方注释)以及 PDB(蛋白质结构数据)等信息。查询工具 Entrez 能够执行复杂的逻辑查询以检索核苷酸、蛋白质及相关文献数据。BLAST 则用于进行序列比对分析以查找序列相似性。
实例:
访问NCBI网站,在 Nucleotide 页面中选择选项,并在输入框中键入 human\; VANGL2 ,随后会看到输出界面(呈现202个条目)的左侧部分。余下116个条目后,请点击 navigation栏中的 "RefSeq ; transcripts" 链接,并继续点击对应的序列编号 NM\_020335.3 。目标网页为 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_020335.3,该页面展示了 GenBank 数据格式的相关信息。ACCESSION字段代表检索号,在此页面顶部可以选择该字段直接搜索指定序列名称 NM_020335 以快速定位所需信息。
NT代表基因组DNA重叠群,
NM代表mRNA序列,
NP代表蛋白字序列,
NC代表完整基因组/染色体,
NG代表基因组局部区域
