分子模拟软件amber_[gromacs使用教程] 基于amber力场模拟蛋白小分子复合物
请参考官方教程中的相关内容，并使用其中提供的mdp参数文件（均为100ps）。仅限于模拟过程顺利的情况进行分析与计算，暂不涉及合理性评估。
平台：windows
软件：gaussina16, ambertools, gromacs2019.6, notepad++, spdbv4.10
蛋白文件：4w52.pdb(配体选用EPE)
小分子amber力场及坐标文件构建
参考本公众号的案例
蛋白的修复
使用Notepad++删除小分子，水，保存文件为4w52_clean.pdb
使用spdbv4.10补全丢失原子
直接用spdb4.10打开4w52_clean.pdb文件即可补齐原子，并保存为4w52_all.pdb文件。
在当前操作中未修复缺失的氨基酸序列，在此情况下建议采用MOE软件通过同源模建的方式生成相应的蛋白质模型（可参考本公众号的相关教程），随后可借助autodocktools工具对模型进行对接优化
蛋白amber力场及坐标文件构建
使用AMBER99SB-ILDN力场
gmx pdb2gmx -f 4w52_all.pdb -o 4w52.gro -ignh -water tip3p
该步骤得到4w52.gro, posre.itp和topol.top文件
上述为文件中的文件，其中mdp文件为官网教程的文件。
构建复合物的坐标文件及topol.top文件
参照官方教学材料，请整合4w52.gro和EPE.gro两个文件内容形成complex.gro新文件，并计算确认其中原子总数（2634+33=2667）。核查生成的complex.gro文件结构是否合理无误后，请立即进入下一步骤
根据教程步骤，在文档中构建对应的EPE.itp文件；随后继续按照流程构建topol/topol/topological/topological/topological/topological/topological/topological/topological/topological/topological(topology)/topology(topology)/topology(topology)/topology(topology)等结构；本次案例基于小分子原子数量较少的特点，在topo环境中整合了相关EPE数据以提高计算效率。
在EPE.top中找到并定位到[ atomtypes ]指向[ dihedrals ]的区域；将其包含的所有信息转移至包含该文件的位置后（如图所示）。
最后修改：
当操作完成时，在线构建了完整的复合物力场模型及其坐标数据文件，并按照教程逐步完成了蛋白-小分子动力学模拟的过程。
具体命令如下：
gmx pdb2gmx -f 4w52_all.pdb -o 4w52.gro -ignh -water tip3p
gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt cubic -d 1.0
gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr
gmx genion -s ions.tpr -o ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
gmx grompp -f em.mdp -c ions.gro -p topol.top -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
gmx make_ndx -f EPE.gro -o EPE.ndx
gmx genrestr -f EPE.gro -n EPE.ndx -o posre_epe.itp -fc 1000 1000 1000
gmx make_ndx -f em.gro -o index.ndx
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol -n index.ndx -o nvt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm nvt
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -r nvt.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm npt
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md
轨迹处理：
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_whole.xtc -pbc whole
gmx trjconv -s md.tpr -f md_whole.xtc -o md_center.xtc -pbc mol -center
运算结束后，提取轨迹，并对比原始文件
用vmd观察：(氢键)
具体文件可从该网址下载参考：