【MATLAB生信分析】MATLAB生物信息分析工具箱（二）
AlignMultipleSequencesExample.m
蛋白质序列-多重比对
AlignQuerySequenceToProfileUsingHMMModelAlignmentExample.m
HMM模型实现用户序列-比对
AUCNormalizationExample.m质谱曲线下面积 (AUC) 进行归一化
BuildPhylogeneticTreefromPairwiseDistancesExample.m
序列成对距离法-构建系统发育树
BuildPhylogeneticTreeusingNeighborJoiningMethodExample.m
邻接法-构建系统发育树
CalculateAffymetrixProbeAffinitiesExample.m
计算 Affymetrix 探针亲和力
CalculateAffymetrixProbeAffinitiesExample.m
计算有向图中的最大流
CalculateRangeOfGeneExpressionProfilesExample.m
计算基因表达谱的范围
CalculateSequenceProfilefromPartofAlignmentCountingAllGaExample.m
计算序列谱
CalculateTheAtomicCompositionOfAProteinExample.m
计算蛋白质的原子组成
Calculate variance of gene expression profiles
计算蛋白质的原子组成
CalculateVarianceOfGeneExpressionProfilesExample.m
基因表达的方差
ChangeReferenceSequenceOfBioMapObjectExample.m改变BioMap对象的参考序列
CharacterizeGenesInvolvedInTheYeastDiauxicShiftExample.m
表征酵母双峰转换中基因表达
CleaveASequenceExample.m
胰蛋白酶切割序列
ComputeTheNumberOfReadsMappedToRefSeqExample.m计算映射到参考序列区域读段数量
ConstructABioIndexedFileObjectAndAccessItsGOExample.m
构建生物索引文件并访问其基因本体论（GO）条目
ConstructABioMapObjectExample.m从 SAM 文件以及其结构文件构建 BioMap 对象
ConstructAnExptDataObjectExample.m构造包含一个 DataMatrix 对象的 ExptData 对象
ConstructBioReadObjectfromFASTQFileExample.m
从 FASTQ 文件构建 BioRead 对象
ConstructBioReadObjectfromMATLABStructureExample.m
从 MATLAB结构体 构建 BioRead 对象
ConstructBioReadObjectfromMATLABWorkspaceVariablesExample.m从MATLAB工作空间中的变量 构造 BiRoad 对象
ConvertADNASequenceToAnRNASequenceExample.m
将 DNA 序列转换成 RNA 序列
ConvertAlignedSequencesToCIGARStringsExample.m将比对序列转换成 CIGAR 字符串
ConvertAnAminoAcideSequenceToANucleotideSequenceExample.m将氨基酸序列转换成核苷酸序列
ConvertAnAminoAcidSequenceToSingleletterOrThreeletterExample.m
将氨基酸序列转换成单字母或三字母缩写
ConvertANucleotideSequenceToItsComplementarySequenceExample.m
将核苷酸序列转换成其互补序列
ConvertARandomAminoAcidSequenceExample.m
将氨基酸序列转换为整数编码表示
CountAminoAcidsInASequenceExample.m
DNA序列中密码子的计数
CountNucleotidesInASequenceExample.m
DNA序列中核苷酸计数
CountTheNumberOfReadsMappedToGenomicFeaturesExample.m
计算映射到基因组特征的读取数量
CreateABiographObjectAndCalculateNodePositionExample.m
创建一个 BioGraph 对象并计算节点位置和边的轨迹
CreateABiographObjectExample.m
创建一个 BioGraph 对象
CreateAPhylogeneticTreeExample.m创建系统进化树
CreateABioMapObjectDisplayInNGSBrowserExample.m创建一个 BioMap 对象并将其导入NGS浏览器中
CreateBiographObjSpecifyAccessItsPropsExample.m创建一个 BioGraph 对象并指定其属性
CreatePCAPlotOfMicroarrayDataExample.m建立微阵列数据的主成分分析图
CreateQualityControlPlotsForSequenceAndQualityDataExample.m为序列和质量数据的创建质量控制图
DetermineImportantFeaturesFromFisherIrisDataExample.m以Fisher鸢尾花数据为例确定数据的重要特征
DisplayASequenceLogoForAlignedAASeqExample.m为比对好的氨基酸序列显示序列 LOGO
DisplayBoxPlotsForMicroarrayDataExample.m创建微阵列数据的箱图
DisplayCNVDataAlginedToChromosomeIdeogramExample.m
对齐 染色体表意图 下的拷贝数变异
DisplaySequenceLogoForNucleotideSeqExample.m
为比对好的核苷酸序列显示序列 LOGO
DisplayTheFrequencyOfCNAExample.m
显示拷贝数变异的频率图
EstimateSynonymousAndNonsynonymousSubRatesExample.m
估计两个核苷酸序列的同义和非同义替换率
EstimateSynonymousAndNonsynonymousSubRatesMLExample.m最大似然法估计两个核苷酸序列的同义和非同义替换率
FilterNextgenerationSequencingDataExample.m
滤除下一代测序数据中具有低质量碱基的序列
FilterOutGeneswithAbsoluteExpressionLevelsthatareLowerThExample.m
使用用户定义阈值筛选出低绝对表达水平的基因
FilterOutGeneswithLowAbsoluteExpressionLevelsExample.m
筛选出低绝对表达水平的基因
FilterOutGeneswithLowAbsoluteExpressionLevelsUsingaLogicExample.m
使用逻辑向量筛选出低绝对表达水平的基因
GenerateAnIndexStructFromBAMFileExample.m从BAM索引文件生成索引结构
GenerateSpatialImageForMicroarrayDataExample.m生成微阵列数据的空间图像
MaximumIntensityNormalizationExample.m质谱数据中归一化每个谱线的离子强度
NormalizeAffymetrixDataExample.m
归一化 Affymetrix 数据
NormalizeMicroarrayDataExample.m归一化 Microarray 数据
OpenAndViewABiologicalSequenceExample.m
打开并显示生物学序列
PerformCBSOnCGHDataExample.m
比较基因组杂交数据执行环形二分割
PerformHierarchicalClusteringOnGeneExpressionDataExample.m
对基因表达数据进行层次聚类
PerformUnpairedHypothesisTestForShortreadCountDataExample.m
对短读段计数数据进行非配对假设检验
PlotAHeatmapOfDataMatrixExample.m
绘制 热点图
PlotASetOfMassSpectraDataExample.m
绘制 质谱图
PlotChromosomeIdeogramsExample.m绘制 染色体表意图
QuantileNormalizationExample
质谱数据 分位数归一化
ReadCytogeneticBandingInformationFromAFileExample.m
从文件读取 染色体带 信息
ReadDataFromGPRFileExample.m
读取和显示 GPR 文件
ReadSequenceDataFromFASTAFilesExample.m
从 FASTA 文件中读取序列
ReadSequenceInformationFromEMBLFileExample.m
从 EMBL 文件中读取序列
ResampleMassSpectrometryDataExample.m
质谱数据的重新采样
RetrieveAlignmentRecordsThatAlignToTwoRefSeqExample.m
检索比对到参考序列的比对记录
RetrieveBLOSUMScoringMatrixExample.m
检索BLOSUM得分矩阵
RetrieveExonsFromAGTFformattedFileExample.m
从 GTF格式文件 检索外显子
RetrieveGenesFromAGTFformattedFileExample.m
从 GTF格式文件 检索基因
RetrieveInfoAboutBAMFileExample.m
检索 BAM格式文件 中的信息
RetrieveSegmentsFromAGTFformattedFileExample.m
从 GTF格式文件 中检索片段
RetrieveTranscriptsFromAGTFformattedFileExample.m
从 GTF格式文件 检索转录本
SendRasMolScriptCommandsToMoleculeViewerAppExample.m
向 分子查看器 发送 RasMol脚本
SmoothMassSpectrometryDataExample.m
最小二乘多项式方法平滑质谱数据
SplitMergedPairedendSequencesIntoSeparateFilesExample.m
将合并的 末端配对序列 分割成单独的文件
SplitSequencesIntoSeparateFilesBasedOnBarcodesExample.m
基于条形码分割成序列文件
TrimSequencesInAFASTQFileExample.m
修剪 FASTQ文件 中的序列
Update SAM flag values of BioMap object
更新 BioMap 对象的 SAM 标志
View3DStructureOfAMoleculeExample.m
可视化分子的三维结构
ViewAMultipleSequenceAlignmentFileExample.m
可视化序列 多重比对文件
ViewAPhylogeneticTreeExample.m可视化系统发育树