生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

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一、BWA

1、介绍

简介：用于建立 index；基于 BWT 算法，将 reads 比对到参考基因组；最新版本 bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。

详情：baw是一款将序列比对到参考基因组上的软件，用于高通量测序数据处理，包含了BWA-backtrack、BWA-SW、BWA-MEM三种算法：
1、BWA-backtrack：适合比对长度不超过100bp的序列；
2、BWA-SW和BWA-MEM适合于长度为70-1M bp的序列；其中BWA-MEM是最新开发的算法，对于高质量的测序数据，其比对的速度更快，精确度更高，对于70-100bp的reads, BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列时，效果比BWA-backtrack 算法的效果更好；
总而言之，通常情况下，选择BWA-MEM算法就好 。
更多介绍请参考：https://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml

2、下载

bam下载地址
点击Download

3、安装

打开终端，找到压缩文件所在位置；

复制代码

    # 安装
    tar -jxvf bwa-*.tar.bz2
    
    # 编译
    cd bwa-0.7.17 # 要先进入对应的目录中
    make bwa
    
    # 添加环境变量
    vim ~/.bash_profile   # 编辑环境变量文件 
    export PATH=/Users/jolie/Desktop/工作/99-安装包/生信/bwa-0.7.17:$PATH  # 编辑环境变量文件内容，文件所在路径要更新为你自己的地址哦！
    
    # 使环境变量生效
    source ~/.bashrc
    
    # 验证是否安装成功
    cd bwa-0.7.17 #如果添加了环境变量，在任意位置都可以执行，如果没有添加环境变量，则只能在对应目录下执行
    bwa

二、Samtools

1、介绍

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令，同样用于用于高通量测序数据处理。
更多介绍请参考 http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml

2、下载

Samtools下载地址
在这里插入图片描述

3、安装

打开终端，找到压缩文件所在位置；

复制代码

    # 安装 
    $ tar -jxvf samtools-*.tar.bz2
    
    # 编译
    cd samtools-1.17 # 要先进入对应的目录中
    make
    
    # 添加环境变量
    vim ~/.bash_profile   # 编辑环境变量文件 
    export PATH=/Users/jolie/Desktop/工作/99-安装包/生信/samtools-1.17:$PATH # 文件所在路径要更新为你自己的地址哦
    
    # 使环境变量生效
    source ~/.bashrc
    
    # 验证是否安装成功
    cd samtools-1.17 #如果添加了环境变量，在任意位置都可以执行，如果没有添加环境变量，则只能在对应目录下执行
    samtools

4、使用

4.1、 view

1)、主要功能
将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作。比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。

2)、bam文件优点
bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。

3)、相关参数

VIEW
view命令中，对sam文件头部的输入(-t或-T）和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。

复制代码

    Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]
    # 默认情况下不加 region，则是输出所有的 region.

复制代码

    Options: -b       output BAM
                  默认下输出是 SAM 格式文件，该参数设置输出 BAM 格式
         -h       print header for the SAM output
                  默认下输出的 sam 格式文件不带 header，该参数设定输出sam文件时带 header 信息
         -H       print header only (no alignments)
         -S       input is SAM
                  默认下输入是 BAM 文件，若是输入是 SAM 文件，则最好加该参数，否则有时候会报错。
         -u       uncompressed BAM output (force -b)
                  该参数的使用需要有-b参数，能节约时间，但是需要更多磁盘空间。
         -c       Instead of printing the alignments, only count them and print the 
                  total number. All filter options, such as ‘-f’, ‘-F’ and ‘-q’ , 
                  are taken into account.
         -1       fast compression (force -b)
         -x       output FLAG in HEX (samtools-C specific)
         -X       output FLAG in string (samtools-C specific)
         -c       print only the count of matching records
         -L FILE  output alignments overlapping the input BED FILE [null]
         -t FILE  list of reference names and lengths (force -S) [null]
                  使用一个list文件来作为header的输入
         -T FILE  reference sequence file (force -S) [null]
                  使用序列fasta文件作为header的输入
         -o FILE  output file name [stdout]
         -R FILE  list of read groups to be outputted [null]
         -f INT   required flag, 0 for unset [0]
         -F INT   filtering flag, 0 for unset [0] 
                  Skip alignments with bits present in INT [0]
                  数字4代表该序列没有比对到参考序列上
                  数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上
         -q INT   minimum mapping quality [0]
         -l STR   only output reads in library STR [null]
         -r STR   only output reads in read group STR [null]
         -s FLOAT fraction of templates to subsample; integer part as seed [-1]
         -?       longer help

4)、使用举例

复制代码

    # 将sam文件转换成bam文件
    $ samtools view -bS abc.sam > abc.bam
    $ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam
    
    # 提取比对到参考序列上的比对结果
    $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam
    
    # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果，只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可
    $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam
    
    # 提取没有比对到参考序列上的比对结果
    $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam
    
    # 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果，并保存到sam文件格式
    $ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam
    
    # 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果
    $ samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam
    
    # 根据fasta文件，将 header 加入到 sam 或 bam 文件中
    $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam

4.2、 sort

1)、主要功能
sort对bam文件进行排序。

2)、相关参数

复制代码

    Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix>

复制代码

    -m 参数默认下是 500,000,000 即500M（不支持K，M，G等缩写）。对于处理大数据时，如果内存够用，则设置大点的值，以节约时间。
    -n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。

3)、使用举例

复制代码

    $ samtools sort abc.bam abc.sort    ###注意 abc.sort 是输出文件的前缀，实际输出是 abc.sort.bam
    $ samtools view abc.sort.bam | less -S

4.3、 merge

1)、主要功能
将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。

2)、相关参数

复制代码

    Usage:   samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...]
    # Samtools' merge does not reconstruct the @RG dictionary in the header. Users must provide the correct header with -h, or uses Picard which properly maintains the header dictionary in merging.

复制代码

    Options: -n       sort by read names
         -r       attach RG tag (inferred from file names)
         -u       uncompressed BAM output
         -f       overwrite the output BAM if exist
         -1       compress level 1
         -R STR   merge file in the specified region STR [all]
         -h FILE  copy the header in FILE to <out.bam> [in1.bam]

4.4、index

1)、主要功能
⚠️ 必须对bam文件进行默认情况下的排序后，才能进行index。否则会报错。
⚠️ 建立索引后将产生后缀为.bai的文件，用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在，特别是显示序列比对情况下。比如samtool的tview命令就需要；gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。

2)、相关参数

复制代码

    Usage: samtools index <in.bam> [out.index]

3)、使用举例

复制代码

    # 以下两种命令结果一样
    $ samtools index abc.sort.bam
    $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai

4.5、

1)、主要功能
2)、相关参数
3)、使用举例

更多参数使用可参考samtools使用方法参数

三、bedtools

1、介绍

bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合，同样用于高通量测序数据处理。
更多介绍请参考 https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html

2、下载

复制代码

    curl -OL  https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.22.0/bedtools-2.22.0.tar.gz

3、安装

复制代码

    # 安装
    tar zxvf bedtools-2.22.0.tar.gz
    
    # 编译
    cd bedtools2 # 要先进入对应的目录中
    make
    
    # 添加环境变量
    vim ~/.bash_profile   # 编辑环境变量文件 
    export PATH=/Users/jolie/Desktop/工作/99-安装包/生信/bedtools2:$PATH
    
    # 使环境变量生效
    source ~/.bashrc
    
    # 验证是否安装成功
    cd bedtools #如果添加了环境变量，在任意位置都可以执行，如果没有添加环境变量，则只能在对应目录下执行
    bedtools

4、相关参数

flexible tools for genome arithmetic and DNA sequence analysis.

复制代码

    usage:    bedtools <subcommand> [options]

复制代码

    The bedtools sub-commands include:
    
    [ Genome arithmetic ]
    
    intersect     Find overlapping intervals in various ways.
    
                  求区域之间的交集，可以用来注释peak，计算reads比对到的基因组区域
                  不同样品的peak之间的peak重叠情况。
    
    window        Find overlapping intervals within a window around an interval.
    closest       Find the closest, potentially non-overlapping interval.
    
                  寻找最近但可能不重叠的区域
    
    coverage      Compute the coverage over defined intervals.
    
                  计算区域覆盖度
    
    map           Apply a function to a column for each overlapping interval.
    genomecov     Compute the coverage over an entire genome.
    merge         Combine overlapping/nearby intervals into a single interval.
    
                  合并重叠或相接的区域
    
    cluster       Cluster (but don't merge) overlapping/nearby intervals.
    complement    Extract intervals _not_ represented by an interval file.
    
                  获得互补区域
    
    subtract      Remove intervals based on overlaps b/w two files.
    
                  计算区域差集
    
    slop          Adjust the size of intervals.
    
                  调整区域大小，如获得转录起始位点上下游3 K的区域
    
    flank         Create new intervals from the flanks of existing intervals.
    
    sort          Order the intervals in a file.
    
                  排序，部分命令需要排序过的bed文件
    
    random        Generate random intervals in a genome.
    
                  获得随机区域，作为背景集
    
    shuffle       Randomly redistrubute intervals in a genome.
    
                  根据给定的bed文件获得随机区域，作为背景集
    
    sample        Sample random records from file using reservoir sampling.
    spacing       Report the gap lengths between intervals in a file.
    annotate      Annotate coverage of features from multiple files.
    
    [ Multi-way file comparisons ]
    
    multiinter    Identifies common intervals among multiple interval files.
    unionbedg     Combines coverage intervals from multiple BEDGRAPH files.
    
    [ Paired-end manipulation ]
    
    pairtobed     Find pairs that overlap intervals in various ways.
    pairtopair    Find pairs that overlap other pairs in various ways.
    
    [ Format conversion ]
    
    bamtobed      Convert BAM alignments to BED (& other) formats.
    bedtobam      Convert intervals to BAM records.
    bamtofastq    Convert BAM records to FASTQ records.
    bedpetobam    Convert BEDPE intervals to BAM records.
    bed12tobed6   Breaks BED12 intervals into discrete BED6 intervals.
    
    [ Fasta manipulation ]
    
    getfasta      Use intervals to extract sequences from a FASTA file.
    
                  提取给定位置的FASTA序列
    
    maskfasta     Use intervals to mask sequences from a FASTA file.
    nuc           Profile the nucleotide content of intervals in a FASTA file.
    
    [ BAM focused tools ]
    
    multicov      Counts coverage from multiple BAMs at specific intervals.
    tag           Tag BAM alignments based on overlaps with interval files.
    
    [ Statistical relationships ]
    
    jaccard       Calculate the Jaccard statistic b/w two sets of intervals.
    
                  计算数据集相似性
    
    reldist       Calculate the distribution of relative distances b/w two files.
    fisher        Calculate Fisher statistic b/w two feature files.
    
    [ Miscellaneous tools ]
    
    overlap       Computes the amount of overlap from two intervals.
    igv           Create an IGV snapshot batch script.
    
                  用于生成一个脚本，批量捕获IGV截图
    
    links         Create a HTML page of links to UCSC locations.
    
    makewindows   Make interval "windows" across a genome.
    
                  把给定区域划分成指定大小和间隔的小区间 (bin)
    
    groupby       Group by common cols. & summarize oth. cols. (~ SQL "groupBy")
    
                  分组结算，不只可以用于bed文件。
    
    expand        Replicate lines based on lists of values in columns.
    split         Split a file into multiple files with equal records or base pairs.
      
      —————————————  
      原文链接：

5、bedtools intersect的使用

Find overlapping intervals in various ways 求区域之间的交集，可以用来注释peak，计算reads比对到的基因组区域不同样品的peak之间的peak重叠情况

复制代码

    # 语法
    bedtools intersect [OPTIONS] -a <bed/gff/vcf/bam> -b <bed/gff/vcf/bam>
    #注：-b 可以接多个文件

相关参数可参考bedtools之intersect命令参数

复制代码

    # 使用举例
    #找到A和B文件中重叠的部分前5行
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed | head -5
    chr1    29320    29370    CpG:_116
    chr1    135124    135563    CpG:_30
    chr1    327790    328229    CpG:_29
    chr1    327790    328229    CpG:_29
    chr1    327790    328229    CpG:_29
    
    #-wa：A和B重叠的区间再加上a的剩余部分
    #-wb：A和B重叠的区间再加上b的剩余部分
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -wa -wb | head -5
    chr1    28735    29810    CpG:_116    chr1    29320    29370    NR_024540_exon_10_0_chr1_29321_r    0    -
    chr1    135124    135563    CpG:_30    chr1    134772    139696    NR_039983_exon_0_0_chr1_134773_r    0    -
    chr1    327790    328229    CpG:_29    chr1    324438    328581    NR_028322_exon_2_0_chr1_324439_f    0    +
    chr1    327790    328229    CpG:_29    chr1    324438    328581    NR_028325_exon_2_0_chr1_324439_f    0    +
    chr1    327790    328229    CpG:_29    chr1    327035    328581    NR_028327_exon_3_0_chr1_327036_f    0    +
    
    #-wo Write the original A and B entries plus the number of base pairs of overlap between the two features. Only A features with overlap are reported
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -wo | head -5
    chr1    28735    29810    CpG:_116    chr1    29320    29370    NR_024540_exon_10_0_chr1_29321_r    0    -    50
    chr1    135124    135563    CpG:_30    chr1    134772    139696    NR_039983_exon_0_0_chr1_134773_r    0    -    439
    chr1    327790    328229    CpG:_29    chr1    324438    328581    NR_028322_exon_2_0_chr1_324439_f    0    +    439
    chr1    327790    328229    CpG:_29    chr1    324438    328581    NR_028325_exon_2_0_chr1_324439_f    0    +    439
    chr1    327790    328229    CpG:_29    chr1    327035    328581    NR_028327_exon_3_0_chr1_327036_f    0    +    439 
    
    #-c For each entry in A, report the number of hits in B while restricting to -f. Reports 0 for A entries that have no overlap with B
    bedtools intersect  -a cpg.bed -b exons.bed -c | head 
    chr1    28735    29810    CpG:_116    1
    chr1    135124    135563    CpG:_30    1
    chr1    327790    328229    CpG:_29    3
    chr1    437151    438164    CpG:_84    0
    chr1    449273    450544    CpG:_99    0
    chr1    533219    534114    CpG:_94    0
    chr1    544738    546649    CpG:_171    0
    chr1    713984    714547    CpG:_60    1
    chr1    762416    763445    CpG:_115    10
    chr1    788863    789211    CpG:_28    9
    
    # 找到覆盖了最多外显子的CPG岛
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -c | sort -k5,5nr | head -2
    chrY    15591259    15591720    CpG:_33    77
    chrUn_gl000228    70214    114054    CpG:_3259    72
    
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -c | sort -k1,1 -k2,2nr | head -2
    chr1    249200252    249200721    CpG:_58    2
    chr1    249167408    249168010    CpG:_48    0
    
    #找到A文件中没有重叠B的部分 
     Only report those entries in A that have no overlap in B
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -v | head
    chr1    437151    438164    CpG:_84
    chr1    449273    450544    CpG:_99
    chr1    533219    534114    CpG:_94 
    chr1    544738    546649    CpG:_171
    chr1    801975    802338    CpG:_24
    chr1    805198    805628    CpG:_50
    chr1    839694    840619    CpG:_83
    chr1    844299    845883    CpG:_153
    chr1    912869    913153    CpG:_28
    chr1    919726    919927    CpG:_15
    
    #从注释文件中，选取启动子
    cat hesc.chromHmm.bed | grep Promoter > promoters.bed
    cat promoters.bed |head -3
    chr1    27737    28537    2_Weak_Promoter
    chr1    28537    30137    1_Active_Promoter
    chr1    30137    30337    2_Weak_Promoter
    
    # 找到跟每个exon最近的启动子 多的一列数值是-a 和 -b 两者最近的距离
    bedtools closest -a exons.bed -b promoters.bed  -d | head -2
    chr1    11873    12227    NR_046018_exon_0_0_chr1_11874_f    0    +    chr1    27737    28537    2_Weak_Promoter    15511
    chr1    12612    12721    NR_046018_exon_1_0_chr1_12613_f    0    +    chr1    27737    28537    2_Weak_Promoter    15017
    
    # 以5Kb一个窗口把人类基因组以覆盖
    bedtools makewindows -g genome.txt -w 50000 > windows.bed
    cat windows.bed |head -3
    chr1    0    50000
    chr1    50000    100000
    chr1    100000    150000
    bedtools makewindows -g genome.txt -w 100000 > windows0.bed
    cat windows0.bed |head -3
    chr1    0    100000
    chr1    100000    200000
    chr1    200000    300000
    
    # 显示cpg.bed中和exons.bed有重叠的intervals
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed
     
    # 显示exons.bed中和cpg.bed有重叠的intervals
    bedtools intersect -a exons.bed -b cpg.bed 
     
    # 同时显示重叠区域的A、B文件中的原始记录
    bedtools intersect -a exons.bed -b cpg.bed -wa -wb 
     
    # 显示重叠区域的碱基数
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -wo
     
    # 显示每一个cpg.bed文件中的记录在exons.bed文件中的重叠记录数
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -c
     
    # cpg.bed文件中不和exons.bed任何intervals重叠的记录
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -v
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -wo
     
    # 设定阈值，显示cpg.bed中intervals至少有50%序列和exons.bed中的重叠
    bedtools intersect -a cpg.bed -b exons.bed -wo -f 0.50
     
    # 多个文件的重叠区域
    bedtools intersect -a cpg.bed -b gwas.bed exons.bed 
    bedtools intersect -a cpg.bed -b gwas.bed exons.bed -wa -wb -names gwas exon # 加上文件label
     
    # sorted数据通过加-sorted参数，运行速度更快
    time bedtools intersect -a exons.bed -b cpg.bed gwas.bed -sorted >>/dev/null
    
    —————————————
    原文链接：
    原文链接：

6、bedtools merge的使用

Combine overlapping/nearby intervals into a single interval 合并重叠或相接的区域

复制代码

    # 语法
    bedtools merge [OPTIONS] -i <bed/gff/vcf>
    #注意：bedtools merge要求输入文件先排序

复制代码

    # 使用举例
    # 排序，输入文件先按染色体排序，然后按起始位置排序。
    sort -k1,1 -k2,2n test.bed >test.sorted.bed
    # 显示最终的"合并 "区间
    bedtools merge -i exons.bed | head -n 20
    # 在计算导致每个新的 "合并 "区间的重叠区间的数量时，我们将 "计算 "第一列。
    bedtools merge -i exons.bed -c 1 -o count | head -n 20
     
    # 显示所有合并成新的"合并 "区间的重叠区间的第二行
    bedtools merge -i exons.bed -c 2 -o collapse | head -n 20
     
    # 合并距离不超过1000的区间，
    bedtools merge -i exons.bed -d 1000 -c 1 -o count | head -20
     
    # 合并距离不超过90区域，分别对第一列和第四列做不同的操作
    bedtools merge -i exons.bed -d 90 -c 1,4 -o count,collapse | head -20
    
    ————————————————
    原文链接：

7、bedtools complement的使用

Extract intervals not represented by an interval file 获得互补区域

复制代码

    # 语法
    bedtools complement [OPTIONS] -i <bed/gff/vcf> -g <genome>
    #注：The genome file should tab delimited and structured as follows:
         <chromName><TAB><chromSize>

复制代码

    # 使用举例
    # genome.txt中，exons.bed没有的区间
    bedtools complement -i exons.bed -g genome.txt

8、bedtools genomecov的使用

Compute the coverage of a feature file among a genome 合并重叠或相接的区域

复制代码

    # 语法
    bedtools genomecov [OPTIONS] -i <bed/gff/vcf> -g <genome>
    #注：需要排序好的文件
    bedtools genomecov -i exons.bed -g genome.txt

复制代码

    # 使用举例
    # 输出BEDGRAPH,计算intervals的depth
    bedtools genomecov -i exons.bed -g genome.txt -bg | head -20

9、bedtools jaccard的使用

calculate Jaccard statistic b/w two feature files 计算数据集相似性

复制代码

    # 语法
    bedtools jaccard [OPTIONS] -a <bed/gff/vcf> -b <bed/gff/vcf>

复制代码

    # 使用举例
    # 计算相似度
    bedtools jaccard -a cpg.bed -b exons.bed

10、bedtools coverage的使用

Returns the depth and breadth of coverage of features from B 计算区域覆盖度

复制代码

    # 语法

复制代码

    # 使用举例
    bedtools coverage [OPTIONS] -a <bed/gff/vcf> -b <bed/gff/vcf>
    bedtools coverage  -a cpg.bed -b exons.bed

四、conda

1、介绍

Conda是在Windows、macOS和Linux上运行的开源软件包管理系统 和环境管理系统 。可以快速安装、运行和更新软件包及其依赖项 。可以轻松地在本地计算机上的环境中创建，保存，加载和切换。它是为Python程序创建的，但可以打包和分发适用于任何语言的软件。
目前conda的发行版本分为anaconda、miniconda两种，安装了ananconda或miniconda的完整版，就默认安装了conda。anaconda会包含一些常用包的版本，miniconda则是精简版 ，两者安装均可。

2、下载

miniconda下载地址
在这里插入图片描述

3、安装

复制代码

    # 进入miniconda所在目录
    cd miniconda  # 如果你的地址跟我不同，记得更新地址
    # 执行安装命令
    bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh # 如果你的版本跟我不同，记得更新名称

在这里插入图片描述
填写yes

记得这里有选项是继续安装还是终止，继续安装即点击回车

填写yes

复制代码

    # 使环境变量生效
    source ~/.bashrc

miniconda3安装成功～
⚠️ 安装成功后要关闭终端，再次进入才会生效哦～

复制代码

    # 添加环境变量
    export PATH=/Users/jolie/miniconda3:$PATH # 文件所在路径要更新为你自己的地址哦
    
    # 验证是否安装成功
    cd miniconda3 #如果添加了环境变量，在任意位置都可以执行，如果没有添加环境变量，则只能在对应目录下执行
    conda
    
    # 查看相关帮助
    conda -h # h参数为help的意思

4、conda管理packages

复制代码

    	## 查看当前环境下的已经安装的包
    		conda list
    	## 查看频道下可用的某包
    		conda search openpyxl
    	## 安装包到环境work，不加--name时，默认安装到当前环境
    		conda install --name work openpyxl
    	## 安装包指定镜像源加速下载(**)
    		conda install -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge micromamba
    	## 安装包requests , 默认路径下载很慢,此时可指定下载命令
    		conda install --name work -c conda-forge requests 
    	## 检查安装结果
    		conda list
    	## 更新requests 包
    		conda update requests 
    	## 卸载requests 包
    		conda remove requests
    		conda remove --name work requests # 删除work环境中的requests包

五、freebayes

1、介绍

简介：是一个常用于生物信息学数据分析中的免费开源软件，它用于从基因组或外显子组测序数据中检测SNP、indel和复合事件（例如插入或删除，或插入和SNP的组合）。该软件使用贝叶斯模型来计算每个位点的变异概率，并结合多个样本的测序数据来确定变异的共享情况。

优点：能够处理多个样本的测序数据，从而更好地确定遗传变异的共享情况。此外，它还可以处理多倍体或杂合基因组，并允许用户设置自定义的过滤标准来减少误报率。

应用：FreeBayes已被广泛用于各种生物信息学应用中，包括疾病基因组学研究、人类进化研究、农业遗传学研究和环境基因组学研究等领域。在分析大规模基因组测序数据时，FreeBayes是一种非常有用的工具，可以帮助研究人员鉴定遗传变异并进行精确的生物信息学分析。

2、下载

复制代码

    # 下载
    git clone --recursive https://github.com/freebayes/freebayes.git

3、安装

复制代码

    # 依赖安装
    # 在安装FreeBayes之前，需要先安装其所依赖的一些库和软件包。具体的依赖库可以在FreeBayes的GitHub仓库中找到。
    # 在Ubuntu等Debian发行版中，可以使用以下命令安装依赖：
    sudo apt-get install cmake git zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev
    # 在CentOS等Red Hat发行版中，可以使用以下命令安装依赖：
    sudo yum install cmake git zlib-devel bzip2-devel xz-devel
    # 如果在mac终端
    /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"  # 安装Homebrew，Homebrew为mac终端的软件包管理器
    brew update           #更新Homebrew
    brew install freebayes   #安装freebayes
    
    # 编译
    cd freebayes # 要先进入对应的目录中
    make
    
    # 添加环境变量
    vim ~/.bash_profile   # 编辑环境变量文件 
    export PATH=/Users/jolie/Desktop/工作/99-安装包/生信/freebayes:$PATH # 文件所在路径要更新为你自己的地址哦
    
    # 使环境变量生效
    source ~/.bashrc
    
    # 验证是否安装成功
    freebayes -h

4、相关参数

复制代码

    # 查看完整的freebayes参数列表和详细说明
    freebayes --help

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3、安装

二、Samtools

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2、下载

3、安装

4、使用

4.1、 view

4.2、 sort

4.3、 merge

4.4、index

4.5、

三、bedtools

1、介绍

2、下载

3、安装

4、相关参数

5、bedtools intersect的使用

6、bedtools merge的使用

7、bedtools complement的使用

8、bedtools genomecov的使用

9、bedtools jaccard的使用

10、bedtools coverage的使用

四、conda

1、介绍

2、下载

3、安装

4、conda管理packages

五、freebayes

1、介绍

2、下载

3、安装

4、相关参数

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