北京大学生物信息学转录数据分析(11)

阅读量：

转录数据分析聚焦差异分析和聚类
在这里插入图片描述
非编码RNA 的注释和功能分析

常见的差异分析的方法的优缺点
在这里插入图片描述

pvalue 的调整BF 调整，将会导致假阴性的产生
在这里插入图片描述

距离度量两个基因之间的表达模式和关联度
欧氏距离两个基因间在表达水平上的关联
皮尔森相关距离两个基因之间的表达相模式相似性(奇异值对皮尔森相关性影响较大)
在这里插入图片描述

illumina 公司的hiseq 和miseq操作流程分析

聚类分析
常见的聚类分析基于的距离方法
在这里插入图片描述

下图参数p 是阶的参数
在这里插入图片描述

hclust
在这里插入图片描述

基因本体论
在这里插入图片描述

GO
在这里插入图片描述

常见的GO 的BOB 文件格式，电脑识别模式
在这里插入图片描述
另一种格式XML

根据BOB 文件的格式或者是XML 的文件格式，那我们可以得到基因间的关系。
在这里插入图片描述

关于KEGG数据库
在这里插入图片描述

蛋白之间的互作
在这里插入图片描述

常见的KEGG 文件以KGML 的形式进行储存
在这里插入图片描述

对于常见的GO 的注释的方法
在这里插入图片描述

KOBAS

的比对
在这里插入图片描述

关于假设检验
在这里插入图片描述

数据库的模型
在这里插入图片描述

键值对的构建通常可用哈希表等相关的数据
在这里插入图片描述

数据库的语言
定义语言和操作语言
在这里插入图片描述

常用的单独的数据库
在这里插入图片描述

二代测序常用的软件
在这里插入图片描述

常见的程序包
在这里插入图片描述

全部评论 (0)

还没有任何评论哟~

北京大学生物信息学转录数据分析(11)

转录数据分析聚焦差异分析和聚类非编码RNA的注释和功能分析常见的差异分析的方法的优缺点 pvalue的调整BF调整，将会导致假阴性的产生距离度量两个基因之间的表达模式和关联度欧氏距离两个基因间...

北京大学生物信息学(转录组)

特征选择启发式选择前向选择后向选择双向选择转录组测序精度严重依赖于测序深度，因此需要对测序深度进行read归一化。常用的方法是RPKM，除了RPKM外还有TMM，deseq,以及TPM。除...

北京大学生物信息学(3)

北京大学生物信息学同源性，相似性，相似矩阵如何使用计算机来识别相似性，使用相似矩阵多序列比对蛋白质打分比对矩阵常用的蛋白比对的算法BLOSUM 蛋白质的演化过程 PAM2表示从A2步到A的概率...

生物信息学导论-北大-RNA-Seq数据分析

ref:https://www.coursera.org/learn/shengwuxinxixue/home 本文主要来自本课的讲义+搜索内容。已不再上课，所以本文只是笔记，恕不能提供讨论与答疑。

北京大学生物信息学-第三周-序列数据库 BLAST

序列数据库 Genbank是美国国家生物技术信息中心NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据 SRA...

北京大学生物信息学-第二周-序列比对

序列比对中的基本概念 Biology –Whatisthebiologicalquestionorproblem? Data –Whatistheinputdata? –Whatothersuppor...

北大生物信息学学习(2) 生物学及生物学信息学的发展

生物学及生物信息学的发展现状关于1988年发起的人类基因组计划生物学信息学的发展生物信息学的发展中国的生物信息学的发展国内外基因组学的发展 1998年中国人类基因组南方和北方基因组中心在上海...

【北京理工大学-Python 数据分析-1.1】

数据维度维度：一组数据的组织形式一维数据：由对等关系的有序或无序数据构成，采用线性组织形式。包括列表、集合和数组（python中不常见，但在C++和Java中比较常见）类型。列表：数据类型可以不...

北京大学生物信息学-第四周-马尔可夫 HMM及其应用

从状态到马尔可夫链 AMarkovchaindescribesadiscretestochasticprocessatsuccessivetimes.Thetransitionsfromonestat...

北邮计算机学院研究生信息官网,北京邮电大学

北京邮电大学第十四届研究生学术论坛论文初审结果公示 “汇聚四方学识，品味学术风流”——北京邮电大学第十四届研究生学术论坛论文初审圆满结束。在各位评审老师的辛勤努力下，本届研究生学术论坛已经完成所有论...