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药物亲和力相关数据集BindingDB、DAVIS;药物开源数据库源 TDC库

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参考:
BindingDB :https://www.bindingdb.org/rwd/bind/index.jsp

DAVIS :https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22037378/ ##激酶相关数据库

药学领域的开放获取...数据库来源TDC

借助Python接口实现数据库的高效加载;
TDC拥有丰富的药物数据集库,并涵盖多种亲和力相关的研究资料。

复制代码
    pip install PyTDC

众多类型预测相关的数据集可查阅:https://tdcommons.ai/multi_pred_tasks/tcrepitope/

在这里插入图片描述

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    from tdc.multi_pred import DTI
    data = DTI(name = 'DAVIS')
    split = data.get_split()
    
    data.label_distribution()
在这里插入图片描述

获取数据

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    df = data.get_data()
在这里插入图片描述

label归一化

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    from sklearn import preprocessing
    
    maxmin = preprocessing.MinMaxScaler()
    df["MinMaxScaler"] = maxmin.fit_transform(df["Y"].values.reshape(-1, 1))
    
    standerscaler = preprocessing.StandardScaler()
    df["StandardScaler"] = standerscaler.fit_transform(df["Y"].values.reshape(-1, 1))
在这里插入图片描述

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