药物亲和力相关数据集BindingDB、DAVIS;药物开源数据库源 TDC库
发布时间
阅读量:
阅读量
参考:
BindingDB :https://www.bindingdb.org/rwd/bind/index.jsp
DAVIS :https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22037378/ ##激酶相关数据库
药学领域的开放获取...数据库来源TDC
借助Python接口实现数据库的高效加载;
TDC拥有丰富的药物数据集库,并涵盖多种亲和力相关的研究资料。
pip install PyTDC
众多类型预测相关的数据集可查阅:https://tdcommons.ai/multi_pred_tasks/tcrepitope/

下载加载
from tdc.multi_pred import DTI
data = DTI(name = 'DAVIS')
split = data.get_split()
data.label_distribution()

获取数据
df = data.get_data()

label归一化
from sklearn import preprocessing
maxmin = preprocessing.MinMaxScaler()
df["MinMaxScaler"] = maxmin.fit_transform(df["Y"].values.reshape(-1, 1))
standerscaler = preprocessing.StandardScaler()
df["StandardScaler"] = standerscaler.fit_transform(df["Y"].values.reshape(-1, 1))

全部评论 (0)
还没有任何评论哟~
